Призначається всередину та місцево. При застосуванні внутрішньо у дорослих 5 мл хлорофіліпту розводять у 30 мл води. Для санації кишечника при стафілококовому носійстві та профілактики післяопераційних ускладнень препарат призначають 3 рази на день за 40 хвилин до їди щодня протягом 2-3 тижнів.
Можливо: алергічні реакції на компоненти ефірної олії та хлорофіліпт; при прийомі внутрішньо у високих дозах – нудота, блювання, діарея, м'язові спазми; при частому та/або тривалому інгаляційному застосуванні – сухість слизових оболонок органів дихання..
Для полоскання порожнини рота 2-3 рази на добу після їди або в проміжках між прийомами. Чи не ковтати.
Хлорофіліпт при стоматиті застосовують у таблетованій формі для розсмоктування. Олійний розчин наносять на місця запалення. Таблетки не можна розжовувати та ковтати.