Якщо зловживати активованим вугіллям, він може спровокувати запор і порушити процес всмоктування корисних речовин у шлунково-кишковому тракті.
Можлива: диспепсія, запор, діарея, фарбування калових мас темний колір; при тривалому застосуванні – гіповітамінози, порушення всмоктування із ШКТ поживних речовин.
Активоване вугілля – досить груба матерія; якщо в шлунку або кишечнику порушена цілісність слизової оболонки, він може ще більше її пошкодити. Так що кровотечі або виразка шлунка виключають цей спосіб очищення. Тим, у кого є проблеми із серцем, обов'язково треба порадитися з лікарем
До основних негативних наслідків для природи відносять викиди метану під час розробки вугільних пластів та діоксиду вуглецю при спалюванні палива, забруднення атмосфери вугільний пилом, кислотні дощі, руйнування ґрунтів, підземні пожежі та обвали гірських порід, накопичення токсичних відходів.