У жінок, що палять кальян, знижується дітородний вік, менструальний цикл, що призводить до зниження здатності до зачаття. У чоловіків, які вважають за краще курити кальян, у насіннєвій рідині збільшується кількість сперматозоїдів неправильної форми, вони стають малорухливими.
При курінні кальяну виробляється 50-200 затяжок, кожна з яких містить від 0,15 до 1 літра диму. Отже, курець кальяну за один сеанс куріння може вдихнути більше диму, ніж при курінні 100 цигарок
Куріння кальяну викликає ті ж захворювання, що і звичайний тютюн: рак, хвороби серця, респіраторні захворювання, також є ризик виникнення раку порожнини рота, виразки шлунка та стравоходу, порушення функції роботи легень. «Під час куріння кальяну людина вдихає набагато більший обсяг диму, ніж під час куріння сигарети.
підвищений тиск (гіпертонія); захворювання серцево-судинної системи: аритмія та інші кардіологічні проблеми; тромбоз та тромбофлебіт; астма, туберкульоз, хвороби легень.