Дитячий вік (до 18 років) є офіційним протипоказанням до застосування фторхінолонів. Це протипоказання ґрунтується на результатах експериментальних досліджень, у яких усі хінолони (не лише фторовані) викликали артропатію у молодих тварин..
Фторхінолони, як зазвичай вважали, протипоказані дітям, тому що вони можуть викликати ураження хряща за активних зон зростання
Після прийому ципрофлоксацину відбувається блокування росту та диференціації клітин, а також порушення виробництва мітохондріальної енергії. Саме ці процеси визначають більшість побічних ефектів прийому фторхінолонів. Найсерйознішими з них є сенсомоторна полінейропатія, гендевіти та розриви сухожиль.
Фторхінолони слід призначати з обережністю, особливо у пацієнтів похилого віку, із захворюваннями нирок, які перенесли трансплантацію органів або отримують системні глюкокортикоїди. У цих пацієнтів спостерігається вищий ризик ураження сухожиль на фоні. фторхінолонів та хінолонів.