Магнітно-резонансна томографія гірше візуалізує тканини порожнистих та повітряних органів. До того ж, на МРТ можуть з'явитися артефакти внаслідок руху органів грудної порожнини (серце, великі судини, легені). Тому для виявлення пневмонії більше підходить використання КТ
На МРТ краще видно м'які тканини, тому метод використовується виявлення пухлин, дослідження мозку, хребта, суглобів, малого таза. КТ добре показує травми, переломи, свіжі крововиливи, патології черевної порожнини та грудної клітки.
У переважній більшості випадків МРТ-грудної клітини не є методом вибору, і пацієнту рекомендується зробити КТ легень