Протипоказань до проведення МРТ відносно небагато: Наявність в організмі електронних медичних приладів (кардіостимулятор та ін.). Наявність металевих елементів у досліджуваній області (протези, кліпси, уламки). Неадекватна поведінка пацієнта (панічна атака, психомоторне збудження).
Абсолютні протипоказання кардіостимулятор; імплантати середнього вуха; металеві сторонні тіла (уламки та ін.); металеві кліпси або затискачі на судинах головного мозку
У кожному сумнівному випадку правильним рішенням буде проконсультуватися з лікарем-рентгенологом, який забезпечує діагностику на конкретному апараті, зібравши максимум інформації про предмет, який може перешкоджати проведенню МРТ-Дослідження
Необхідність дотримуватись нерухомості тіла провокує звуження судин, при цьому порушується мозковий кровообіг. Пацієнт відчуває головний біль, запаморочення, шум у вухах, нудоту. Погіршення самопочуття після МРТ може бути пов'язане з латентним (прихованим) перебігом хворобливого процесу в організмі.