Для профілактики кон'юнктивітів рекомендується використовувати закладання у вічі новонароджених тетрациклінової або еритроміцинової мазей в індивідуальному впакуванні.
Всесвітня організація охорони здоров'я (ВООЗ) рекомендує такі види лікування для запобігання кон'юнктивіту новонародженим: 1відсотків очна мазь тетрацикліну гідрохлориду; 0,5відсотків еритроміцинова очна мазь; 2,5відсотків розчин повідон-йоду (на водній основі);
Спеціальної обробки очей не потрібно. За потреби мама вмиває обличчя дитини теплою проточною водою. Якщо очі забруднені, необхідно промити їх змоченою у стерильній воді серветкою або ватною кулькою від зовнішнього кута ока до внутрішнього. Для кожного ока використовуються окремі ватяні кульки або серветки.
Відразу після народження акушерка видаляє слиз і навколоплідні води з носа і рота дитини, щоб полегшити йому перший вдих, потім перерізає пуповину і обробляє очі новонародженому, щоб запобігти їх інфекції. При необхідності по пуповинній крові визначають її групу та резус-фактор.