Оскільки анізокорія не є самостійним захворюванням, то не існує її специфічного лікування. У разі йдеться про усунення чинників, які призвели до втрати зіницею здатність до розширення чи звуження. У багатьох випадках пацієнтам потрібна допомога невролога.
Зіниці можуть мати різний розмір і в тому випадку, якщо у людини спостерігається така офтальмологічна проблема, як анізометропія. При такій патології рефракція лівого та правого ока сильно відрізняється, у зв'язку з чим органи зору піддаються надмірному навантаженню навіть при корекції окулярами та контактними лінзами.
Фармакологічна з'являється через застосування деяких лікарських засобів. Наприклад, антидепресанти, пластирі від заколисування в транспорті, краплі для лікування глаукоми можуть спричиняти анізокорію.