Після прийому ципрофлоксацину відбувається блокування росту та диференціації клітин, а також порушення виробництва мітохондріальної енергії. Саме ці процеси визначають більшість побічних ефектів прийому фторхінолонів. Найсерйознішими з них є сенсомоторна полінейропатія, гендевіти та розриви сухожиль.
Побічні ефекти з боку ЦНС спостерігаються у 1-8відсотків пацієнтів і включають головний біль, запаморочення, збудження та порушення сну. Імовірність побічних реакцій зростає у міру підвищення дози препарату та подовження часу лікування. Досить серйозними ускладненнями є тендиніт та розрив сухожильПохожі
Інгібуючи два життєво важливі ферменти мікробної клітини – ДНК-гіразу і топоізомеразу-4, фторхінолони порушують синтез ДНК, що призводить до загибелі бактерій (тобто фторхінолони мають бактерицидний ефект).